Journal of Water and Soil Science
علوم آب و خاک
jwss
Agriculture
http://jstnar.iut.ac.ir
0
user
2476-3594
2476-5554
10.47176/jwss
fa
jalali
1385
4
1
gregorian
2006
7
1
10
2
online
1
fulltext
fa
ارزیابی تنوع ژنتیکی جمعیتهای بومی یونجه ایران با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره ESTs
Evaluating Genetic Diversity of Iranian Alfalfa Local Populations Using Expressed Sequence Tags (ESTs) Microsatellites
عمومی
Ggeneral
پژوهشي
Research
<p>به منظور تعیین تنوع ژنتیکی بین برخی تودههای بومی یونجه زراعی، شش جمعیت ایرانی بمی، رهنانی، نیک شهری، همدانی (از منطقه اصفهان)، همدانی (ازمنطقه شیراز)، یزدی و یک جمعیت رنجر آمریکایی با 24 جایگاه ریز ماهواره طراحی شده از مناطق (Expressed Sequence Tags (ESTs گیاه <em>Medicago</em> <em>truncatula</em> و سه جایگاه ریز ماهوارهای شناسایی شده از کتابخانه ژنومی <em>M. sativa</em> ارزیابی شدند. بر اساس نتایج تکثیر باندهای مورد نظر و میزان چند شکلی، از بین آغازگرهای به کار رفته چهار جایگاه (EST-SSR (AW9,BEE,TC6,TC7 و یک جایگاه ریز ماهواره ژنومی (AFct32) برای تخمین تنوع ژنتیکی میان جمعیتهای یونجه مورد بررسی مناسب تشخیص داده شدند. در مجموع 46 آلل برای این جایگاهها در جمعیتهای یونجه ردیابی شد. تعداد آللهای هر جمعیت در هر جایگاه از شش تا یازده متغیر بود و شاخص تنوع ژنتیکی جایگاهها در میان جمعیتها از 62/0 تا 87/0 برآورد شد. تجزیه و تحلیل روابط ژنتیکی بر اساس اطلاعات EST-SSR، جمعیت رنجر آمریکایی را به طور کامل از جمعیتهای یونجه ایرانی متمایز نمود. بنابراین به نظر میرسد که والدین این یونجه متفاوت از جمعیتهای ایرانی باشد. بر اساس دندروگرام رسم شده، جمعیتهای یونجه ایرانی به دو گروه اصلی تقسیم شدند. ارقام سردسیری همدانی و رهنانی در یک گروه و ارقام گرمسیری بمی، یزدی و نیک شهری در گروه دیگر قرار گرفتند. موقعیت مناطق ریز ماهوارههای EST در ناحیه کد شونده ژنوم، احتمالاً قابلیت استفاده از این نوع نشانگرها را برای روشن کردن روابط بین جمعیتهای یونجه افزایش میدهد </p>
To determine genetic diversity among some Iranian local varieties of alfalfa, six geographically diverse populations including: Bami, Rahnani, Nikshahri, Yazdi, Hamadani (from Isfahan), Hamadani (from Shiraz) along with Ranger, an American commercial variety, were evaluated using a set of 24 EST-SSR primers developed from cDNA library of <em>Medicago truncatula</em> and three microsatellite loci, identified from genomic library of <em>M. sativa.</em> Of the pairs of primers tested, four loci from EST-SSRs (AW9, BEE, TC6 and TC7) and genomic microsatellite (Afctt32), were found appropriate for assessing genetic diversity between these alfalfa genotypes. In total, 46 alleles were detected from the five loci in the samples of alfalfa examined. The number of alleles per locus in populations ranged from six to eleven and genetic diversity indices of loci were variable from 0.62 to 0.87 for the populations. Genetic relationship analysis of EST-SSR data revealed separation of Iranian populations from Ranger. It is likely that the parental origin of primary population from which Ranger has been derived is different from that of Iranian populations. Iranian local populations of alfalfa in this study were grouped in two main clusters. Alfalfa populations Hamadani and Rahnani, which are adapted to cold claimates, were grouped in one cluster and populations Bami, Yazdi and Nikshahri, belonging to the trpoical areas, were placed in the next cluster. The positioning of EST-SSR loci in coding regions of genome, possibly increases the usefulness of these markers to clarify inter specific genetic relationships among alfalfa populations.
یونجه، ریز ماهواره، (EST(Expressed Sequence Tags، تنوع ژنتیکی
Alfalfa, Microsatellite, EST (Express Sequence Tags), Genetic diversity.
141
154
http://jstnar.iut.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2-549&slc_lang=fa&sid=1
M. Bahar
مسعود بهار
00031947532846005570
00031947532846005570
Yes
S. Ghobadi
سیروس قبادی
00031947532846005571
00031947532846005571
No
V. Erfani Moghaddam
وحید عرفانی مقدم
00031947532846005572
00031947532846005572
No
A. Yamchi
احد یامچی
00031947532846005573
00031947532846005573
No
M. Talebi Bedaf
مجید طالبی بداف
00031947532846005574
00031947532846005574
No
M. M. Kaboli
محمد مهدی کابلی
00031947532846005575
00031947532846005575
No
A. A. Mokhtarzadeh
علی اکبر مختارزاده
00031947532846005576
00031947532846005576
No