۶ نتیجه برای Pcr
قربان الیاسی، جلیل شجاع غیاث، محمدرضا نصیری، عبدالمنصور طهماسبی، ام‌البنین پیراهری،
جلد ۹، شماره ۲ - ( ۴-۱۳۸۴ )
چکیده
در برنامه‌های نوین اصلاح‌نژاد دام چند شکلی موجود در پروتئین‌های شیر می‌تواند به عنوان نشانگر ژنتیکی به کار برده شود. بتالاکتوگلوبولین پروتئین اصلی بخش آب‌پنیر شیر نشخوارکنندگان می‌باشد که ژن کدکننده آن روی کروموزوم ۳ گوسفند تعیین نقشه شده است. این پروتئین در طی دوره‌های آبستنی و شیردهی در غدد پستان ساخته می‌شود. مطالعات نشان داده که این پروتئین در اکثر نژادهای گوسفند دارای چند شکلی است و دلیل آن جانشینی ساده یک باز در ژن BLG می‌باشد که با انجام برش آنزیمی توسط RsaI تشخیص داده می‌شود. هدف از این پژوهش بررسی توزیع ژنوتیپی ژن BLG در گوسفندان بومی است. در این تحقیق نمونه‌های خون از ۱۴۲ رأس گوسفند (قزل، افشاری، مغانی، ماکوئی و آرخارمرینو) جمع‌آوری گردید. DNA ژنومی از ۲۰۰ میکرولیتر خون با روش بوم و همکاران (۱۹۸۹) که توسط شیخایف (۱۹۹۵) تغییراتی در آن داده شده بود استخراج گردید. تکثیر ناحیه پلی‌مورفیک ژن بتالاکتوگلوبولین به طول ۴۵۲ جفت باز از اگزون II با آغازگرهای BLG۳ و BLG۵ صورت گرفت. برای مشاهده محصولات PCR از ژل آگارز ۱% با رنگ‌آمیزی اتیدیوم‌بروماید استفاده گردید. برای برش آنزیمی قطعات DNA تکثیر شده، از آنزیم RsaI استفاده شد. محصولات هضم شده، بر روی ژن پلی‌آکریلامید ۸% الکتروفورز شده و با اتیدیوم‌بروماید رنگ‌آمیزی گردید. فراوانی ژنوتیپ‌ها، آلل‌ها، تعادل هاردی- واینبرگ و دندروگرام فواصل ژنتیکی با استفاده از نرم‌افزار PopGen۳۲ محاسبه گردید. فراوانی آلل A در نژاد قزل ۵۶%، نژاد آرخارمرینو ۴۸%، نژاد ماکویی ۵۳%، نژاد مغانی ۳۶% و نژاد افشاری ۳۴% به دست آمد. به غیر از نژاد افشاری سایر جمعیت های مورد بررسی در تعادل هاردی - واینبرگ بودند. کمترین فاصله ژنتیکی بین نژادهای مغانی و افشاری و بیشترین آن بین نژادهای قزل و افشاری به دست آمد و در نهایت به نظر می‌رسد که PCR-RFLP یک روش مناسب برای تعیین ژنوتیپ و بررسی تنوع ژنتیکی در دام باشد.
عصمت مهدیخانی مقدم، احمد خیری، مجتبی محمدی،
جلد ۱۰، شماره ۴ - ( ۱۰-۱۳۸۵ )
چکیده
استخراج DNA از تخم و لارو سن دوم نماتد با روش فنل - کلروفرم در مورد جمعیت‌هایی از گونه‌های Meloidogyne javanica و Meloidogyne incognita از ایران انجام و پس از تعیین کمیت و کیفیت، جهت انجام آزمون واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) مورد استفاده قرار گرفت. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی C۲F۳ / ۱۱۰۸ (۲۰ و ۲۳ نوکلئوتیدی)، قسمتی از DNA میتوکندریایی مربوط به ژن کد کننده سیتوکروم اکسیداز، تکثیر و یک نوار ۷/۱ کیلو باز درمورد جمعیتهای هر دو گونه ایجاد گردید. قطعات تکثیری با آنزیم‌های محدود‌کننده AluI، DraI و HinfI برش داده شد و نتایج حاصل در ژل آگاروز مورد ارزیابی قرار گرفت. دو آنزیم محدود کننده AluI و DraI هیچ‌گونه برشی درطول قطعه DNA تکثیر شده ایجاد نکردند. برش قطعه ۷/۱ کیلو باز با آنزیم محدود‌کننده HinfI نقوش مشخصی را برای جمعیتهای M. javanica و M. incognita ایجاد نمود. در جمعیتهای M. javanica قطعه ۷/۱ کیلو باز به دو قطعه ۰/۱و ۷/۰ کیلو باز و در جمعیتهای M. incognita قطعه ۷/۱ کیلو باز به سه قطعه ۰/۱، ۴/۰ و ۳/۰ کیلو باز برش داده شد. اما تفاوتی بین جمعیتهای مختلف هر گونه مشاهده نگردید.
مهدی شعبانیان، حسین معصومی، اکبر حسینی‌پور، جهانگیر حیدرنژاد، ذبیح‌اله اعظمی،
جلد ۱۱، شماره ۱ - ( ۱-۱۳۸۶ )
چکیده
در طی نمونه برداری از گلخانه‌های خیار منطقه جیرفت در سال‌های۱۳۸۰ تا ۱۳۸۳، ۱۲۹۴ نمونه دارای علائمی از قبیل موزائیک، بدشکلی و تاولی شدن برگ و میوه جمع آوری گردید. با استفاده از آزمون‌های الایزا و ایمنی سنجی نقطه‌ای (Dot immunobinding assay (DIBA ویروسهای موزائیک زرد کدو (Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV، موزائیک هندوانه (۲ Watermelon mosaic virus-۲ (WMV-۲، موزائیک خیار (Cucumber mosaic virus (CMV و پژمردگی لکه‌ای گوجه فرنگی (Tomato spotted wilt virus (TSWV شناسایی و تعیین پراکنش شدند. این بررسی نشان داد که خیار گلخانه‌ای به ویروسهای فوق آلوده است و ZYMV شایع‌ترین ویروس بر روی خیار گلخانه‌ای می‌باشد. انتقال ویروسهای شته زاد توسط چهار گونه شته شامل Aphis fabae، A. craccivora، A.gossypii و Myzus persicae مورد بررسی گرفت. ویروس موزاییک زرد کدو دارای بالاترین درصد انتقال بین ویروسهای فوق بود و A. craccivora با راندمان بالای ۶۰ درصد با شته‌های فوق منتقل شد. WMV-۲ تنها توسط شته A. gossypii منتقل نگردید. آلودگی نمونه‌های آلوده به ZYMV در روش RT-PCR با یک جفت آغازگر که قطعه‌ای به طول ۴۵۸ جفت باز از ژن پروتئین پوششی را تکثیر می‌کرد، تأیید شد. آزمون TAS-ELISA با استفاده از آنتی سرم‌های مونوکلونال کانادایی نشان داد که جدایه جیرفت به شاخه یک یا دو از گروه A متعلق می‌باشد. در آموده نسبتاً خالص ویروس پیکره‌های رشته‌ای انعطاف پذیر با طول تقریبی ۷۹۰ نانومتر با میکروسکپ الکترونی مشاهده شد. وزن مولکولی پروتئین پوششی این ویروس با روش الکتروفورز در ژل پلی آکریل آمید ۳۶/۲ کیلو دالتون تعیین و در آزمون وسترن بلات با استفاده از آنتی سرم تهیه شده بر علیه ویروس به عنوان شناساگر پروتئین پوششی ویروس تأیید گردید. این اولین گزارش از حضور ویروسهای فوق روی خیار گلخانه‌ای در منطقه جیرفت می‌باشد.
مصطفی نیک نژاد کاظم پور، اسماعیل کامران، بیتا علی،
جلد ۱۱، شماره ۴۰ - ( ۴-۱۳۸۶ )
چکیده
بیماری آتشک گلابی با عامل Erwinia amylovora یکی از بیماری‌های خطرناک درختان میوه دانه دار در بسیاری از مناطق دنیا می‌باشد که موجب نکروز شدن بافت‌های میزبان می‌گردد. این باکتری یک نکروژن تدریجی است که می‌تواند به تدریج با گسترش خود موجب تخریب تمام بافت‌های گیاه میزبان شود. در این بررسی طی بازدید‌های مکرر از مناطق کشت گلابی آستانه اشرفیه، لاهیجان و کیاشهر در استان گیلان از درختان آلوده به آتشک گلابی نمونه برداری به عمل آمد. علایم بیماری روی درختان گلابی آلوده به‌صورت نکروز سرشاخه‌ها همراه با ترشحات صمغ در بافت‌های آلوده بود. جهت جداسازی عوامل بیماری زای باکتریایی تعدادی از بافت‌های آلوده، شاخه، تنه و جوانه‌‌ها پس از شستشو و ضدعفونی سطحی با هیپوکلریت سدیم ۵%. و شستشوی مجدد با آب مقطر سترون در آب پپتونه له شدند. سپس ۱۰۰ میکرولیتر از عصاره روی محیط‌‌های کشت روی محیط آگار مغذی سوکروز دار حاوی آنتی بیوتیک سیکلوهگزامید (۵۰ میکروگرم در میلی لیتر ) با یک میله شیشه‌ای خمیده پخش گردید بعد از سه تا پنج روز کلنی‌‌های سفید مایل به کرم کمرنگ انتخاب و روی محیط‌‌های کشت مذکور خالص شدند. جدایههای باکتری به‌دست آمده به‌صورت میله‌ای شکل، گرم منفی و بی هوازی اختیاری بودند. جدایهها روی محیط کشت‌‌های غنی از سوکروز تولید لوان نموده، ولی قادر به تولید رنگدانه فلورسنت در محیط KB نبودند. تمام جدایههای مورد بررسی در توتون و شمعدانی فوق حساسیت ایجاد کردند. باکتری‌‌های جداشده اکسیداز، نیترات، اوره آز و ایندول منفی بوده و قادر به لهانیدن برش‌های سیب زمینی، تولید گاز H۲S و هم‌چنین رشد در دمای ºC ۳۶ نبودند. به علاوه جدایهها قادر به استفاده از سیترات، استوئین، سوربیتول و تری‌هالوز بوده و آزمون ژلاتین آنها نیز مثبت بود. بر اساس مجموع خصوصیات مرفولوژیکی، بیوشیمیایی و فیزیولوژیکی و تکثیر یک قطعه ۹۳۷ جفت بازی از DNA با استفاده از روش واکنش زنجیره‌ای پلی مرآز (PCR) به کمک آغازگرهای اختصاصی Ea۱ و Ea۲ جدایههای مذکور به عنوان Erwinia amylovora شناسایی شدند.
ژیلا عثمانی، عادل سی و سه مرده،
جلد ۱۳، شماره ۴۷ - ( ۱-۱۳۸۸ )
چکیده
کاهش تنوع ژنتیکی موجب آسیب‌پذیری شدید محصولات زراعی در برابر تنش‌های محیطی، آفات و بیماری‌ها و در نتیجه کاهش عملکرد می‌شود. در این پژوهش، تنوع ژنتیکی ۷۲ اکوتیپ گندم سرداری (جمع‌آوری شده از مناطق مختلف غرب ایران) با استفاده از نشانگر AFLP و ۱۷ صفت زراعی مورد بررسی قرار گرفت. استخراج DNA طبق روش تغییر یافته Dellaporta و همکاران انجام گرفت. سه جفت پرایمر EcoRI:MseI، ۱۵۸۲ باند پلی‌مورف ایجاد کرد (با میانگین درصد پلی‌مورفیسم ۹۲/۷۳%). تجزیه خوشه‌ای صفات مولکولی بر اساس ضریب تشابه جاکارد اکوتیپ‌های مورد مطالعه را در سطح تشابه ۶۲/۰ به هشت گروه تقسیم کرد. میانگین، ضریب تغییرات، واریانس ژنوتیپی، فنوتیپی و محیطی در هر کدام از صفات زراعی محاسبه شد. تجزیه خوشه‌ای صفات کمی بر اساس فاصله اقلیدوسی اکوتیپ‌ها را در فاصله ۴۶ به ۶ گروه مجزا تقسیم کرد. هم‌بستگی کمی بین صفات کمی با نشانگر AFLP بر اساس آزمون مانتل دیده شد (۰۲/۰). نتایج، تنوع ژنتیکی بالایی میان اکوتیپ‌ها نشان داد، در نتیجه سرداری احتمالاً یک رقم نبوده بلکه توده‌ایی از اکوتیپ‌هاست و در پژوهش‌های آینده می‌توان اکوتیپ‌های برتر را شناسایی کرده و جایگزین این توده از اکوتیپ‌ها نمود هم‌چنین می‌توان از آنها جهت معرفی ژن‌های جدید در داخل خزانه ژنی گندم نان استفاده کرد.
مجید طالبی بداف، مسعود بهار، قدرت اله سعیدی، سید ابوالقاسم محمدی،
جلد ۱۳، شماره ۴۷ - ( ۱-۱۳۸۸ )
چکیده
به منظور تعیین پراکنش جغرافیایی سینوریزوبیوم‌های همزیست با یونجه در نواحی غرب و شمال غرب ایران، تعداد ۹۵۰ جدایه از سینوریزوبیوم‌های همزیست با دو جمعیت یونجه داخلی (همدانی و نیک شهری) و یک جمعیت خارجی (کودی) در هشت خاک جمع‌آوری شده از استان‌های کردستان، کرمانشاه، آذربایجان شرقی و کردستان انتخاب شدند. شناسایی دقیق این جدایهها به همراه ۱۴ جدایه تولید کننده گره در یونجه زرد (Melilotus officinalis) و ۳۱ جدایه همزیست با شنبلیله (Trigonella foenum-graecum) در منطقه اصفهان، براساس روش‌های ملکولی صورت گرفت. با تکثیر قسمتی از نواحی ژن‌های nod و mucR در این جدایهها با استفاده از آغازگرهای توصیه شده، توالی یابی نوکلئوتیدی نواحی مزبور و هضم آنزیمی قطعه تکثیری قسمتی از ناحیه ژنی ۱۶S rRNA با استفاده از آنزیم برشی RsaI، سه جدایه از یونجه، هفت جدایه از یونجه زرد و ۱۳ جدایه از شنبلیله به عنوان باکتری S. medicae تشخیص داده شدند و بقیه جدایهها (۹۴۳ از یونجه، هفت جدایه از یونجه زرد و ۱۸ جدایه از شنبلیله) متعلق به گونه S. meliloti بودند. گرچه هر دو گونه سینوریزوبیومی از تمام گیاهان میزبان جداسازی شدند، ولی غالب بودن S. meliloti در مناطق مختلف روی جمعیتهای یونجه مشخص نمود کهS. meliloti پراکنش جغرافیایی وسیعی در مناطق غربی ایران دارد. در این مطالعه الگوی قطعات حاصل از برش آنزیمی قطعه تکثیر یافته ژن۱۶S rRNA با آنزیم Rsa I، دو گونه S. medicae و S. meliloti را به آسانی از هم تفکیک نمود که نشانگر مناسب بودن این روش برای تشخیص سریع ریزوبیوم‌های ایجاد کننده گره در یونجه است.
