تفکیک و متمایز ساختن جمعیتهای زنبور عسل ایرانی از اقدامات اساسی برای برنامه‌ریزی اصولی اصلاح نژاد این حشره در ایران می‌باشد. طی سالهای 1375-1371 تلاش شد تا با استفاده از خصوصیات بیوشیمیایی، وضعیت این جمعیتها در ایران مشخص شود. برای این منظور از 251 کلنی مربوط به 21 استان، 84 شهرستان و 15 زنبورستان نمونه‌برداری صورت گرفت. سپس با استفاده از روش الکتروفورز افقی پروتئین‌های قفس سینه زنبوران عسل کارگر، تفاوتها و شباهتهای زنبوران عسل مناطق مختلف کشور مشخص گردید.

 نتایج نشان داد که کلنی‌های مربوط به شهرستانهای شمال و شرق کشور، به دلیل نداشتن باند پروتئینی با وزن مولکولی حدود صد هزار دالتون، از کلنی‌های مناطق غربی و مرکزی کشور متمایز می‌شوند. با توجه به نتایج به دست آمده از این بررسی و مقایسات مورفولوژیک انجام شده بر روی توده‌های زنبور عسل ایرانی می‌توان نتیجه گرفت که حداقل در دو منطقه مذکور می‌توان مراکز اصلاح نژادی زنبور عسل ایران را سازماندهی نمود و در جهت بهبود خصوصیات بیولوژیک زنبور عسل ایرانی تلاش کرد.