شکاف‌ها و منافذ درشت ناشی از پوسیدگی ریشه گیاه، مسیرهای آب‌گذری سریعی را برای انتقال آلاینده‌ها در خاک‌رخ فراهم می‌کنند. هدف از این‌ پژوهش، بررسی کمی اثر ریشه گیاه ذرت بر حرکت یون کلرید و باکتری اشریشیاکلی در شرایط جریان اشباع در خاک بوده‌ است. تیمارها شامل ستون‌های خاک دست‌ خورده به‌ترتیب شاهد (بدون ریشه گیاه)، با ریشه گیاه و با ریشه پوسیده‌ شده گیاه بودند. تعداد 9 ستون خاک با بافت شن لومی (با جرم ویژه ظاهری 48/1 گرم بر سانتی‌متر ‌مکعب) تهیه گردید. مدل سینتیک جذب-واجذب تک‌مکانی و دو‌مکانی برنامه HYDRUS-1D برای پیش‌بینی انتقال و جذب باکتری در ستون خاک استفاده‌ شد. نتایج آزمایش‌ها نشان ‌داد که تفاوت بین ویژگی‌های هیدرولیکی ( Ksو و D) تیمارهای مختلف چشمگیر بود. مدل جذب-واجذب سینتیک دو مکانی در مقایسه با تک‌مکانی برازش بهتری با داده‌های انتقال باکتری داشت. کارایی این‌مدل (E) در برآورد منحنی رخنه باکتری از 97/0 تا 99/0 بود. بیشتر باکتری‌های پالایش‌ شده در لایه‌های سطحی خاک نگهداشته‌ شدند. کاهش نرخ حذف باکتری در تیمارهای با ریشه گیاه و با ریشه پوسیده‌ شده، بیانگر وجود منافذ درشت در خاک ‌بوده که در ‌نتیجه سیستم ریشه‌ای عمیق گیاه ذرت در خاک ایجاد شده‌اند.