برآورد میزان مشارکت آب‌های زیرزمینی در دبی جریان در یک حوزه آبخیز یکی از مهم‌ترین مباحث مدیریت منابع آب و هیدرولوژی می‌باشد. در این مقاله سهم آب‌های زیرزمینی در کل رواناب به‌عنوان شاخص جریان پایه در تعدادی از حوزه‌های آبخیز در جنوب غرب ایران بر اساس روش‌های تفکیک هیدروگراف جریان تعیین گردید. هدف اصلی در این تحقیق تشخیص مناسب‌ترین روش اتوماتیک تفکیک هیدروگراف جریان و برآورد دبی پایه می‌باشد. روش‌های اتوماتیک مرسوم در تفکیک هیدروگراف جریان شامل روش حداقل محلی و روش فیلتر عددی برگشتی با ضرایب فیلتر 9/0 تا 975/0 در مقایسه با روش تحلیل شاخه خشکیدگی جریان به صورت عددی و گرافیکی مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفت. نتایج این تحقیق نشان داده است که روش اتوماتیک فیلتر عددی برگشتی با ضریب 925/0 به‌عنوان دقیق‌ترین روش به‌منظور استخراج مقادیر دبی پایه جریان در منطقه مورد مطالعه می‌باشد. این تحقیق نشان می‌دهد که شاخص دبی پایه در حوزه‌های آبخیز مورد مطالعه که با استفاده از روش انتخابی محاسبه شده، بین 79/0 تا 88/0 متغییر است.